1. 營利事業短漏報所得額，如無應納稅額，仍應處罰，惟公司組織罰鍰最高為9萬元
2. 公司經營外銷業務，遭受外銷損失，應檢具證明文件，經查核確實應由該公司負擔者，可列報為當年度的損失
3. 核釋98年12月31日以前發行或承作之金融商品或交易適用98年4月22日修正公布所得稅法第14條之1、第24條及第24條之1之相關課稅規定
4. 營利事業所得稅免辦理暫繳申報相關規定
5. 莫拉克颱風之災害損失 可於災後3個月內申請
6. 扣繳稅款未達2,000元得免扣繳之規定，僅適用中華民國境內居住之個人
7. 營利事業及機關團體對莫拉克風災賑災之捐贈扣除規定。
8. 非以營利為目的之機關團體出租資產應依法課徵營業稅
◎1. 營利事業短漏報所得額，如無應納稅額，仍應處罰，惟公司組織罰鍰最高為9萬元
(財政部臺灣省南區國稅局 - 2009/8/24)
財政部臺灣省南區國稅局表示，受獎勵免稅或虧損之公司組織，雖漏報所得，而無應納稅額者，罰款已經設限，最高不會超過9萬元。
該局指出，所得稅法98年5月30日後，凡未確定案件，包括於復查、訴願及行政訴訟中之案件，受獎勵免稅或虧損的公司，因為漏報所得額，而無應納稅額者，雖按漏報所得稅額的倍數處罰，惟處罰金額最高不得超過9萬元，最低不得少於4千5百元。
該局舉例說明，甲公司95年度營利事業所得稅結算申報，列報所得額為虧損，嗣該局查獲該公司漏報利息收入、佣金收入及其他收入計500萬元，核定漏報課稅所得額500萬元，加計後無應納稅額，就漏報所得額依當年度適用營利事業所得稅稅率計算之金額雖為124萬元（500萬元×25％-1萬元），惟因該案屬尚未確定案件，依98年5月27日修正後之所得稅法第110條第3項但書規定，最高處罰金額為9萬元。
國稅局特呼籲有受獎勵免稅或營業虧損之公司，仍應誠實申報，短漏報之處罰雖有最高金額為9萬元之限制，但仍應處罰。
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◎2. 公司經營外銷業務，遭受外銷損失，應檢具證明文件，經查核確實應由該公司負擔者，可列報為當年度的損失
(財政部臺灣省南區國稅局 - 2009/8/25)
營利事業經營外銷業務，如因解除或變更買賣契約致發生損失或減少收入，或因違約而給付之賠償，或因不可抗力而遭受之意外損失，或因運輸途中發生損失時，應提出相關損失及支付賠償之證明文件，經國稅局查核確實應由該營利事事業負擔者，始得就損失金額減除受有保險賠償部分後之金額，列報為當年度之外銷損失。
南區國稅局表示：轄區內有一家經營高科技電子產品之廠商，96年度銷售資訊產品至香港，因所購買原料-電子零件發生瑕疵，致資訊產品出現接觸不良，遭到香港進口商索賠約一千萬元而申報同額之外銷損失。然該局查核時因公司無法提示當地檢驗機構出具產品損害證明及實際支付賠償等文件，乃遭到剔除補稅約2百餘萬元。
國稅局指出，外銷損失之認定，依營利事業所得稅查核準則第94條之1規定，除應檢具買賣契約書、國外進口商索賠文件、國外公證或檢驗機構所出具足以證明之文件外，尚應視下列不同的賠償方式提示文件供國稅局查核：
一、以給付外匯方式賠償者，應有結匯或匯付或轉付之銀行證明文件。
二、以補運或掉換出口貨品者，應有海關的出口報單或郵政機關的國際包
裹執據影本。
三、在國內以新台幣賠償，應取有國外進口商出具的收據。
四、外銷損失金額每筆在新臺幣五十萬元以下者，得免附國外公證或檢驗機構出具之證明文件。
國稅局提醒公司如有外銷損失投資時，要特別注意稅法的相關規定，以免被調整補稅。
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◎3. 核釋98年12月31日以前發行或承作之金融商品或交易適用98年4月22日修正公布所得稅法第14條之1、第24條及第24條之1之相關課稅規定
(財政部賦稅署 - 2009/8/26)
為配合98年4月22日修正公布之所得稅法第14條之1、第24條及第24條之1有關金融商品課稅規定，財政部預定於近日內發布相關解釋函令。
財政部表示，上開所得稅法修正規定，明定自99年1月1日起，短期票券等商品利息所得及結構型商品交易所得，個人取得者應按10％扣繳稅款分離課稅，不併計綜合所得總額；營利事業取得者，應計入營利事業所得額合併課稅，其扣繳稅款得自營利事業所得稅結算申報應納稅額中減除。鑒於修正後，仍適用分離課稅者，其稅率或有變動(例如個人持有之短期票券由20％降為10％)，部分商品則由分離課稅改為併計課稅(營利事業持有之短期票券)或由併計課稅改為分離課稅(個人從事結構型商品交易之所得)，致衍生於98年12月31日以前發行之商品或承作之交易，但於99年1月1日以後到期者，其所得應適用修正前或修正後課稅規定等疑義。經與相關業者研商，考量徵納作業簡便，研擬相關處理原則，重點如下：
一、98年12月31日以前發行之短期票券，於99年到期兌償之利息：
(一)若短期票券到期係由集中保管結算機構、清算銀行或中央銀行兌償利息者，應按20％扣繳率扣繳稅款。惟中華民國境內居住之個人、非中華民國境內居住之個人及在中華民國境內無固定營業場所之營利事業得自扣繳稅款繳納之日起5年內，向稽徵機關申請退還其依實際持有期間計算之利息所得按規定扣繳率(例如中華民國境內居住之個人為10%)與20％扣繳率所計算之稅款差額。
(二)中央銀行以外之金融機構所發行之可轉讓定期存單，其由發行機構兌償利息者，除就持票人為在中華民國境內有固定營業場所之營利事業按20％扣繳率扣繳稅款外，其餘應按納稅義務人身分分別依規定之扣繳率扣繳稅款。
(三)中央銀行、中央健康保險局、勞工保險局、勞工退休基金監理會、公務人員退休撫卹基金管理委員會、臺灣銀行(公教人員保險準備金之運用部分)等免稅政府機關、合於所得稅法第11條第4項規定免稅之教育、文化、公益、慈善機關或團體及農會、漁會持有短期票券之利息所得，扣繳義務人仍應依現行規定辦理扣(免)繳事宜。
二、個人或營利事業持有98年12月31日以前依金融資產證券化條例及不動產證券化條例規定發行之受益證券或資產基礎證券(以下簡稱證券化商品），於99年1月1日以後始取得利息者，扣繳義務人應於給付利息所得時，按納稅義務人身分分別依所適用之扣繳率扣繳稅款，尚無按利息所屬期間比例，依修正前、後所得稅法規定課稅之適用。
三、個人或營利事業於98年12月31日以前以債券、短期票券及證券化商品從事附條件交易(以下稱附條件交易)，於99年1月1日以後到期者，其到期賣回金額超過原買入金額部分為利息所得，扣繳義務人於99年到期給付利息時，不論該附條件交易之開始承作時間，均應按納稅義務人身分分別依適用之扣繳率扣繳稅款。個人依前開規定扣繳稅款後，不併計綜合所得總額；營利事業則應計入營利事業所得額課稅。
四、個人或營利事業於98年12月31日以前與銀行從事結構型商品交易，其交易完結日為99年1月1日以後者，其應扣繳所得之計算，應於交易完結時，就契約期間產生之收入減除成本、必要費用及98年12月31日以前已依本部95年8月16日台財稅字第09504525760號令規定計算並開立扣繳憑單之利息所得後之餘額為所得額，扣繳義務人應於交易完結時，按納稅義務人身分別所適用之扣繳率扣繳稅款。個人依規定扣繳稅款後，不併計綜合所得總額。
五、銀行業、信託投資業及經核准登記之短期票券交易商，買賣發票日在99年1月1日以後之短期票券，應按賣出價格超過買入價格之差額，或按到期兌償金額超過買入價格之差額，視為利息收入，依法課徵營業稅；前開價格或金額均為尚未扣除扣繳所得稅款前之金額。
財政部提醒，前揭98年4月22日修正公布之所得稅法有關金融商品課稅規定係自99年1月1日起適用，相關票券金融業者請配合該實施時程，修正相關資訊系統以資因應。
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◎4. 營利事業所得稅免辦理暫繳申報相關規定
(財政部高雄市國稅局 - 2009/8/27)
財政部高雄市國稅局表示，98年度營利事業所得稅暫繳申報將自9月1日開始至9月30日止，今年度因所得稅法修訂，新增兩項免辦理暫繳申報便民措施，該局彙整免辦理暫繳申報規定如下：
一、在我國境內無固定營業場所的營利事業，其營利事業所得稅係依所得稅法規定，應由營業代理人扣繳或由給付人於給付時扣繳者。
二、獨資、合夥組織之營利事業及經核定為免用統一發票的小規模營利事業（凡本年度1至6月份原核定為小規模營利事業，嗣於7月1日以後改為應使用統一發票，也可以免暫繳申報。）
三、合於免稅規定之教育、文化、公益、慈善機關或團體及其附屬作業組織、消費合作社、公有事業。
四、依所得稅法或其他有關法律規定，免徵營利事業所得稅者。
五、上年度結算申報營利事業所得稅無應納稅額者及本年度新開業者、本年度上半年無營業額者。
六、營利事業於暫繳申報期間屆滿前遇有解散、廢止、合併、轉讓情事，其依所得稅法第75條規定，應辦理當期決算申報者。
財政部高雄市國稅局更進一步表示：營利事業未以投資抵減稅額、行政救濟留抵稅額及扣繳稅額抵減暫繳稅額者，於自行向國庫繳納暫繳稅款後，得免再辦理暫繳申報，繳款書證明聯亦無須寄交收件單位（依所得稅法第67條第3項規定，以上半年試算暫繳稅額者，仍須申報並檢附相關規定資料）。
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◎5. 莫拉克颱風之災害損失 可於災後3個月內申請
(財政部臺灣省南區國稅局 - 2009/8/27)
南區國稅局表示，由於莫拉克颱風重創南台灣，大部分地區受災嚴重，造成人民財產重大損失，而災害損失件數也較以往增加。針對莫拉克颱風之災損，財政部已發布會勘及認定作業要點，納稅義務人得於災害發生後3個月內提出申請核認災害損失，不受原規定期間之限制。
該局進一步說明，個人綜合所得稅災害損失金額之認定，其申報損失總金額在15萬元以下者，得憑村（里）長或村（里）幹事簽章證明之損失清單，由稽徵機關予以書面審核，免再派員實地勘查。但特殊原因致無法取得上開證明者，受災民眾可檢具損失清單逕向稽徵機關申請報備，由稽徵機關酌情處理。
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◎6. 扣繳稅款未達2,000元得免扣繳之規定，僅適用中華民國境內居住之個人
(財政部臺灣省北區國稅局 - 2009/8/28)
（桃園訊）財政部臺灣省北區國稅局表示，近來有扣繳單位於給付非中華民國境內居住之員工薪資所得時，以為得適用每次扣繳稅款未達2,000元免予扣繳之規定，而直接填報免扣繳憑單向國稅局辦理申報，其實這是錯誤的。
該局說明，依各類所得扣繳率標準第11條規定，扣繳義務人每次應扣繳稅額不超過新臺幣2,000元免予扣繳之規定，僅適用中華民國境內居住之個人，不得適用於非境內居住者。因此，扣繳單位於給付各類應扣繳所得時，應特別注意所得人身分，適用正確之扣繳率及扣繳規定。
該局特別提醒，如有給付非中華民國境內居住者薪資所得時，應按給付金額扣繳20%稅額，扣繳義務人未依規定辦理扣繳，已違反所得稅法第88條扣繳稅款規定，將依同法第114條規定按應扣未扣或短扣之稅額處1倍至3倍以下之罰鍰，不可不慎。
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◎ 7. 營利事業及機關團體對莫拉克風災賑災之捐贈扣除規定。
(財政部臺灣省中區國稅局 - 2009/8/28)
（臺中訊）財政部臺灣省中區國稅局表示，莫拉克颱風造成巨大災害，社會各界紛紛解囊踴躍捐輸，救助災民，財政部已於日前就個人或營利事業對於此次風災賑災之捐贈扣除規定及申報扣除應檢附之收據憑證發布新聞。而該局近日亦頻頻接獲營利事業和機關團體電話詢問對賑災之捐贈，於申報所得稅時如何適用相關列支規定。
該局指出，依所得稅法第36條規定，營利事業為協助國防建設、慰勞軍隊、對各級政府之捐贈，不受金額之限制，得全額列報為當年度費用，至於對教育、文化、公益、慈善機關或團體之捐贈，於不超過所得額10%限度內，得列報為當年度費用。上開規定所稱「教育、文化、公益、慈善機關或團體」（簡稱機關團體），依同法第11條第4項規定，以合於民法總則公益社團及財團之組織，或依其他關係法令，經向主管機關登記或立案成立者為限。而機關團體對賑災之捐贈只要是符合其創設目的，並無金額之限制。
該局同時表示，營利事業對於內政部及各縣市政府設立之救災專戶捐款者，或是向金融機構、郵局及金融機構以外之非政府機關（如慈善機關團體或營利事業等）所設立之賑災捐款專戶之捐贈，並由該單位將捐款轉交政府機關者，均視為對政府之捐贈。
另營利事業如以實物捐贈，除取得符合所得稅法規定之受贈單位所出具之受領捐贈收據或證明，供稽徵機關查核認定外，其捐贈金額應依下列規定認定：
一、購入供作捐贈之物品應取得統一發票，其屬向核准免用統一發票之小規模營利事業購入者，應取得普通收據，作為捐贈之原始憑證；並以購入成本認定捐贈金額。
二、營利事業以本事業之產品或商品捐贈者，應於帳簿中載明贈送物品之名稱、數量及成本金額；並以產品或商品之帳載成本認定捐贈金額。
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◎8. 非以營利為目的之機關團體出租資產應依法課徵營業稅
(財政部臺灣省中區國稅局 - 2009/8/28)
（臺中訊）財政部臺灣省中區國稅局表示：加值型及非加值型營業稅法規範之營業人非僅包括營利事業，還包括非以營利為目的之事業、機關、團體、組織。一旦營業人有銷售貨物或勞務的情形，即應於開始營業前，向國稅局申請營業登記，依法課徵營業稅。
以民間常見的神明會為例，神明會是前清或日據時期所留存以崇拜特定神明為目的，由特定人共同出資置產所組織之團體。會員或信徒常以神明會財產之收益，如不動產之租榖、租金等，辦理所屬神明會祭典活動。臺灣光復後對神明會比照寺廟登記規則予以管理，顯見神明會不是以營利為目的之組織，但現行營業稅法規定，只要有資產租售等銷售貨物或勞務行為，即為營業稅法規範之營業人。曾經有神明會主張其從事公益活動，係公益慈善機關，雖有租金收入，應非營業稅之課稅對象，惟遭財政部訴願決定駁回。
國稅局表示，基於相同理由，財政部也曾經解釋祭祀公業所有之房屋、土地出租所取得之租金收入，屬銷售勞務之收入，應依法課徵營業稅。該局特別提醒非以營利為目的之事業、機關、團體、組織，倘有將其所有土地、房屋出租予他人使用並收取租金等銷售貨物或勞務行為，即應於開始營業前，向國稅局申請營業登記，依法課徵營業稅，以免遭查獲時除補徵營業稅外，另課以漏稅額1至10倍之罰鍰。
