1. 營利事業出售不動產，原則上以所有權移轉登記日為所得歸屬年度，申報出售資產損益
2. 各類手開式統一發票格式有些變更
3. 獨資變更負責人及合夥變更負責人、合夥人或變更組織型態為獨資，應否辦理當期決算及清算申報
4. 修正發布營利事業所得稅查核準則部分條文
5. 營利事業之商品報廢勿以商品盤損處理
6. 營業人取得非實際交易對象所開立之憑證，如經查明確有進貨事實且該憑證係由實際銷貨人所交付，又實際銷貨人已依法處罰者，得免按稅捐稽徵法第44條規定處行為罰
7. 外國營利事業取得之股利全部採就源扣繳不計入所得額
◎1. 營利事業出售不動產，原則上以所有權移轉登記日為所得歸屬年度，申報出售資產損益
(財政部臺灣省南區國稅局 - 2009/9/7)
財政部臺灣省南區國稅局表示，營利事業出售不動產，其所得歸屬年度之認定，應以所有權移轉登記日期為準，但所有權未移轉登記予買受人以前，已實際交付者，應以實際交付日期為準；兩者皆無從查考時，稽徵機關應依其買賣契約或查得資料認定之。
南區國稅局指出，轄內某公司於94年度出售房屋及土地乙筆，獲得出售資產利益200萬元，該筆不動產所有權之移轉登記日期為94年12月27日，依前述規定該筆所得應歸屬94年度，而申請人卻因不動產買賣契約書所載房地交付日期為95年1月10日，誤將該筆出售資產利益列報於95年度，以致94年度被調整補稅。
國稅局進一步說明，營利事業出售不動產，其所得歸屬年度應以所有權移轉登記日期為準，倘於所有權未移轉登記予買受人以前，已實際交付不動產者，方以實際交付日期為準，如兩者皆無從查考時，稽徵機關則依其買賣契約或查得資料認定之，籲請營利事業注意。
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◎2. 各類手開式統一發票格式有些變更
(財政部臺北市國稅局 - 2009/9/9)
財政部臺北市國稅局表示，為便利營業人使用統一發票，財政部已修改各類手開式統一發票、封面與封底內頁格式，並自98年9-10月份之統一發票開始適用。
該局說明，依統一發票使用辦法第9條第1項規定，營業人開立統一發票，應分別依規定格式據實載明交易日期、品名、數量、單價、金額、銷售額、課稅別、稅額及總計等交易事項，為免營業人開立統一發票應行記載事項未依規定記載或所載不實而受罰，自98年9-10月份起，修改各類「手開式」統一發票暨其封面與封底內頁格式供營業人參考，本次修改內容說明如下：
一、各類統一發票封面加註「封底內頁有發票填寫範例，請參考」等字樣，提醒營業人參考。
二、各類統一發票封底內頁增列「填寫範例」。
三、各類統一發票「總計新臺幣(中文大寫)」欄位，增列至「億」元。
四、三聯式統一發票封面開立發票金額「應稅」欄位增加「總計」項目。
該局指出，鑑於營業人開立統一發票應記載事項未依規定記載或記載不實，依加值型及非加值型營業稅法第48條規定處罰，因此於各類「手開式」統一發票封底內頁增列「填寫範例」，提醒營業人注意統一發票應記載事項切勿缺漏，以免受罰。又現行統一發票格式，總計新臺幣(中文大寫)欄位，可供填寫之金額僅至千萬元，已不敷鉅額交易使用，故該欄增列至「億」元，便利營業額較大之營業人使用。又三聯式統一發票其銷售額與稅額是分開列示，此次修正於三聯式統一發票封面「應稅」欄位增加「總計」欄項，方便營業人統計每本統一發票之銷售額、稅額及其總計金額。
該局呼籲，營業人於開立發票時，應特別注意發票應記載事項是否均已填列？是否書寫正確？如有書寫錯誤事項，應另行開立，並將誤寫之統一發票收執聯及扣抵聯註明『作廢』字樣，黏貼於存根聯上，於當期統一發票明細表註明，莫因一時之疏忽，違反上開規定受罰。
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◎3. 獨資變更負責人及合夥變更負責人、合夥人或變更組織型態為獨資，應否辦理當期決算及清算申報
(財政部臺灣省南區國稅局 - 2009/9/9)
南區國稅局表示：最近常接獲獨資及合夥負責人來電詢問，獨資變更負責人及合夥變更負責人、合夥人或變更組織型態為獨資，應否辦理當期決算及清算申報？
該局進一步表示，獨資組織之營利事業變更負責人，因原負責人已將獨資事業之全部資產負債移轉予新負責人，核屬所得稅法規定之轉讓，應辦理當期決算及清算申報。
至於合夥組織之成立、存續因須有合夥人二人以上，與獨資型態不同，較為複雜。合夥組織之營利事業，若因合夥人退夥或負責人將其出資額轉讓，致合夥人祇剩一人者，其合夥存續要件即有欠缺，合夥自應解散辦理註銷登記，並應依前揭規定辦理當期決算及清算申報：而合夥人之一欲以獨資組織方式成立營利事業者，則宜另行申請設立登記。合夥組織之營利事業如僅變更負責人或合夥人，其營利事業主體未因此而有解散、廢止或轉讓之情事，可免辦理當期決算及清算申報。
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◎4. 修正發布營利事業所得稅查核準則部分條文
(財政部賦稅署 - 2009/9/9)
財政部表示，為配合所得稅法、商業會計法、政治獻金法、私立學校法、不動產估價師法等相關法規之修正，使稽徵實務切合實際並配合行政院賦稅改革委員會「營利事業所得稅簡化稅政之研究」結論，該部爰邀集會計師界及各工商團體開會研商，通盤檢討修正「營利事業所得稅查核準則」，修正條文將於近期內發布。本次計修正38條、刪除3條，共修正41條，修正要點如下：
一、配合行政院賦稅改革委員會「營利事業所得稅簡化稅政之研究」結論，修正相關規定：
商品等品項報廢，可依會計師查核簽證報告核實認定損失，免除應報經核准或報請備查之程序；延長商品盤損、商品報廢及災害損失之報備期限至30日。
二、配合相關法規之制定、修正、司法院解釋及本部發布之解釋令，修正相關規定：
(一) 配合商業會計法第59條及財務會計準則公報第32號規定，修正營利事業分期付款銷貨收入及呆帳損失之認列規定。
(二) 配合商業會計法第42條，修正資產交換成本及其損益之入帳基礎。
(三) 配合司法院釋字第650號解釋意旨，刪除設算利息收入之課稅規定。
(四) 配合97年1月2日修正公布所得稅法第33條規定，修正職工退休金費用認列之相關規定。
(五) 配合98年5月27日修正公布所得稅法第51條及第54條規定，修正固定資產提列折舊及估算殘價之相關規定，並刪除折舊方法之報備規定。
(六) 配合98年5月27日修正公布所得稅法第64條有關營利事業因設立發生之必要支出，均作為當期費用之規定，刪除開辦費之攤提規定，並規定修法前尚未攤提之開辦費餘額處理規定。
(七) 考量所得稅法施行細則第82條已有規範，刪除營利事業機構帳載應付未付之費用或損失，逾二年而尚未給付者，應轉列其他收入之規定。
(八) 配合97年7月15日修正發布營利事業資產重估價辦法第36條規定，營利事業已辦理資產重估之資產，其未實現重估增值應於資產轉讓、滅失或報廢時轉列為營業外收入或損益。
三、為減少爭議及簡化稽徵，修正相關規定：
(一) 有關稅務會計之兌換損益應以實際發生為準，爰刪除利用匯率調整而發生之帳面差額，轉作增資者，應併計其辦理增資年度之損益課徵所得稅之規定。
(二) 配合國際化公司為有效率管理各分支機構，多有設置區域總部管理之趨勢，增訂區域總部之管理費用得比照總公司之管理費用核實分攤計算之規定。
(三) 配合97年1月1日開始實施員工分紅費用化，員工分紅得列為營利事業之薪資費用。
(四) 基於簡化帳務處理及考量消費者物價變動影響，修正調高修繕或購置固定資產可列為當年度費用之支出金額為新臺幣8萬元。
(五) 因應營利事業多樣化之經營模式，其促銷方式及樣態日新月異，採概括式規定其他具有廣告性質之各項費用得以廣告費列支。
(六) 為利稽徵查核並避免爭議，被投資事業減資彌補虧損、合併或破產得以被投資事業減資、合併或破產證明文件認定投資損失，其屬國外投資損失應有我國駐外使領館、商務代表或外貿機關之證明文件，以資明確。
財政部指出，本次修正條文之適用，除參酌所得稅法等相關法令與財政部以往函釋所作涉及租稅實體之修正條文，應適用原相關法令與函釋之施行日期外，另涉及程序或憑證與證明文件部分，例如第74條、第78條、第94條及第99條第6款等規定，於發布施行時尚未核課確定之營利事業所得稅結算申報案件，均可一體適用。
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◎5. 營利事業之商品報廢勿以商品盤損處理
(財政部臺灣省中區國稅局 - 2009/9/10)
（臺中訊）財政部臺灣省中區國稅局表示，商品報廢與商品盤損兩項損失定義不同，適用情形亦不同，請營利事業注意，以免損及自身權益。
該局說明，營利事業將無使用價值之商品或原、物料堆置廢棄或以一般廢鐵出售者，非屬本身自然損耗、滅失，故不屬商品盤損，而應屬商品報廢範圍。因商品盤損為帳面額與實際盤點有差異而造成，而商品報廢係因過期、變質、破損或因呆滯而無法出售或加工製造；商品報廢程序，除公開發行股票之公司的商品或原料、物料等因前述因素而報廢者，可依會計師查核簽證報告核實認定其報廢損失外，應於事實發生後15日內檢具清單報請管轄稽徵機關派員勘查監毀，或由事業主管機關監毀並取具證明文件，核實認定。
該局表示，公司將無使用價值之商品或原、物料堆置廢棄或以一般廢鐵出售者，應依商品報廢規定處理，以免遭剔除補稅。
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◎6. 營業人取得非實際交易對象所開立之憑證，如經查明確有進貨事實且該憑證係由實際銷貨人所交付，又實際銷貨人已依法處罰者，得免按稅捐稽徵法第44條規定處行為罰
(財政部臺灣省北區國稅局 - 2009/9/11)
(桃園訊) 財政部臺灣省北區國稅局表示，營業人取得非實際交易對象所開立之憑證，如經查明確有進貨事實且該憑證係由實際銷貨人所交付，又實際銷貨人已依法處罰者，得免按稅捐稽徵法第44條規定處行為罰。
該局說明，依97年8月13日修正後稅捐稽徵法第44條規定：「營利事業依法規定應給與他人憑證而未給與，應自他人取得憑證而未取得，或應保存憑證而未保存者，應就其未給與憑證、未取得憑證或未保存憑證，經查明認定之總額，處5﹪罰鍰。但營利事業取得非實際交易對象所開立之憑證，如經查明確有進貨事實及該項憑證確由實際銷貨之營利事業所交付，且實際銷貨之營利事業已依法處罰者，免以處罰。」稅捐稽徵機關於查獲營業人進貨取得非實際交易對象所開立之憑證時，營業人雖主張有進貨事實，亦應配合稽徵機關查核指出實際交易對象，並提示相關交易憑證供核，經查證取得之憑證確由實際銷貨人所交付，且實際銷貨人亦由稅捐稽徵機關依法處罰，始可免除未依規定取得憑證之行為罰。
該局並舉出實例說明，轄內甲公司轉包工程予乙企業社銷售額合計4,519萬餘元，未依規定取得憑證，卻取具非實際交易對象丙公司等106家商號開立之統一發票，銷售額合計3,936萬餘元，營業稅額196萬餘元，作為進項憑證申報扣抵銷項稅額，經臺灣宜蘭地方法院檢察署及該局羅東稽徵所查獲，該局羅東稽徵所核定補徵營業稅額196萬餘元，並經該局處罰鍰225萬餘元。甲公司不服，提起復查主張雖有部分工程委由乙企業社承造，惟因該企業社中途發生財務困難，即收回自行施作，取得之進項憑證確為工程所需，且有付款予實際交易對象云云，經就甲公司提示與乙企業社之對帳資料查核，系爭供料廠商實際交易對象為乙企業社，系爭進項憑證確由實際銷貨乙企業社所交付，乙企業社並經依法處罰，該局復查決定乃將原處罰鍰予以註銷。
該局呼籲，營業人購買貨物或勞務時，一定要取得實際交易對象開立之憑證，並保存相關交易資料及支付價款證明，以供日後舉證確有進貨事實，且該憑證係由實際銷貨人所交付，方可適用免罰規定。
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◎7. 外國營利事業取得之股利全部採就源扣繳不計入所得額
(財政部臺灣省南區國稅局 - 2009/9/11)
外國營利事業，在我國境內取得之股利淨額或盈餘淨額，其課稅方式會因在我國境內有無固定營業場所而不一樣嗎？另外，經由信託關係間接獲配的股利，是否需要就源扣繳呢？
南區國稅局說明，財政部為消弭總機構在中華民國境外之營利事業，因在中華民國境內有、無固定營業場所，所獲配之股利淨額或盈餘淨額，有不計入所得額課稅及就源扣繳之不公平現象，已於95年增訂所得稅法第24條第3項，明定總機構在中華民國境外之營利事業，因投資於國內其他營利事業，所獲配之股利淨額或盈餘淨額，除依第88條規定扣繳稅款外，不計入營利事業所得額。
為避免外國營利事業透過信託關係間接由受託人分配取得境內之股利淨額或盈餘淨額，以規避就源扣繳之適用，財政部於今年4月再配合修訂扣繳規定，於所得稅法第89條之1第4項增訂，受益人為總機構在中華民國境外而在中華民國境內有固定營業場所之營利事業，其信託收益中屬獲配之股利淨額或盈餘淨額者，準用相關信託就源扣繳規定，也就是說，總機構在中華民國境外之營利事業，獲配之股利淨額或盈餘淨額，不論是直接投資或因信託關係而間接取得，均採就源扣繳。
該局最後提醒，外國營利事業從98年4月24日起，在中華民國境內不論有無固定營業場所，凡因投資或信託關係而獲配之股利淨額或盈餘淨額一律適用就源扣繳，不計入營利事業所得額課稅。
