1. 非中華民國境內居住之個人薪資所得扣繳疑義解答
2. 憑單及扣繳稅額繳款書格式將修訂，請申報單位注意
3. 納稅義務人對核定稅捐不服，要依規定申請復查，逾期申請將因程序不合而遭駁回。
4. 發布修正「所得稅法施行細則」部分條文
5. 進口貨物營業稅溢繳稅款應由海關退還
6. 營利事業於98年5月29日前辦理決算或清算申報不實者，不罰
7. 營利事業計算基本所得額誤用以往年度虧損扣除數額，需再補稅
8. 營利事業修繕或購置固定資產，其耐用年限超過二年，或支出金額超過新臺幣八萬元，應列作資本支出
◎1. 非中華民國境內居住之個人薪資所得扣繳疑義解答
(財政部臺北市國稅局 - 2009/11/16)
財政部臺北市國稅局表示，納稅義務人如為非中華民國境內居住之個人，全月薪資給付總額在行政院核定每月基本工資之1.5倍以下者，按給付額扣取6﹪稅款，超過每月基本工資1.5倍者，「全數」按給付額扣取18﹪稅款，但政府派駐國外工作人員除外。
該局說明，依98年1月16日修正發布各類所得扣繳率標準第3條規定，自98年1月1日起，政府派駐國外工作人員以外之非中華民國境內居住之個人，全月薪資給付總額在行政院核定每月基本工資（目前為17,280元）1.5倍（即25,920元）以下者，按給付額扣取6﹪稅款，超過行政院核定每月基本工資1.5倍者，「全數」按給付額扣取20﹪（自99年1月1日起，扣取18﹪）稅款，如同時受雇於多個雇主，加計不同雇主給付之薪資後，其全月薪資總額超過上開規定金額致短扣稅款者，由稽徵機關向所得人追補應徵收20﹪（自99年1月1日起為18﹪）稅款與原扣繳6﹪稅款之差額稅款。
該局指出，非中華民國境內居住之個人其薪資因離（職）境而提前給付，或因薪資給付日適逢假日而提前於假日前一上班日或延後至假日後一上班日給付，致發生跨月給付者，該提前或延後給付之薪資，得併入原應給付日所屬月份之薪資計算應扣繳稅額，由扣繳義務人於給付時依法扣繳，免併入實際給付月份之薪資計算應扣繳稅額。
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◎2. 憑單及扣繳稅額繳款書格式將修訂，請申報單位注意！
(財政部臺北市國稅局 - 2009/11/17)
財政部臺北市國稅局表示，扣繳義務人、營利事業、信託行為受託人及代理申報業者，自99年1月1日起辦理扣繳業務，請確實依照財政部新頒訂99年度分離課稅所得扣繳憑單及各類所得扣繳稅額繳款書格式詳實填報。
該局說明，配合所得稅法修訂及稽徵業務需要，原「分離課稅所得、債券利息所得及政府舉辦獎券中獎獎金扣繳暨免扣繳憑單」，已修訂為「各類所得扣繳暨免扣繳憑單（個人分離課稅所得及營利事業同類所得專用）」，適用於99年1月1日起給付之所得。另配合98年4月22日修正公布所得稅法第14條之1，自99年1月1日起，個人取得短期票券利息所得、依金融資產證券化條例或不動產證券化條例規定發行之受益證券或資產基礎證券分配之利息所得、從事附條件交易之利息所得及結構型商品交易之所得應按10﹪扣繳率扣繳稅款外，不併計綜合所得總額課稅，財政部亦於98年10月28日頒訂各類所得扣繳率標準修正條文，「各類所得扣繳稅額繳款書」等亦將配合修訂。
該局指出，刻正依修正後書表印製作業，印製完成後即將訊息公布於該局網站（http://www.ntat.gov.tw）首頁/炙手新聞，並免費提供申報單位使用，設籍臺北市之申報單位如有需要，請就近向該局所屬分局、稽徵所或總局服務櫃檯索取，在新書表尚未提供前，舊書表請酌量取用，避免屯積造成浪費。
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◎3. 納稅義務人對核定稅捐不服，要依規定申請復查，逾期申請將因程序不合而遭駁回。
(財政部高雄市國稅局 - 2009/11/18)
財政部高雄市國稅局表示：某納稅義務人對其93至96年度綜合所得稅遭國稅局罰鍰處分不服，於收到處分書及繳款書數月後才申請復查，經該國稅局以「程序不合」予以駁回。
該國稅局指出，「程序不合、實體不究」乃為行政救濟之法理，納稅義務人應嚴格遵循，茲將行政救濟各階段申請期限分述如下，供納稅義務人參考，以維護本身的權益。
一、 申請復查：如核定稅額通知書所載有應納稅額或應補徵稅額者，應於繳款書送達後，於繳納期間屆滿翌日起算30日內；如核定稅額通知書所載無應納稅額或應補稅額者，則應於核定稅額通知書送達後30日內，依規定格式敘明理由，連同證明文件，申請復查。
二、 提起訴願：如不服復查決定，得於收受復查決定書次日起30日內繕具訴願書，檢同原復查申請書、復查決定書影本及相關證據送交原處分（復查決定）機關向財政部提起訴願。
三、 提起行政訴訟：
（一） 如不服訴願決定，得於訴願決定書送達之次日起2個月內，向原處分機關所在地之高等行政法院，提起行政訴訟。
（二） 如不服高等行政法院之判決，應於判決送達後20日內向原判決法院提起上訴並表明上訴理由。
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◎4. 發布修正「所得稅法施行細則」部分條文
(財政部賦稅署 - 2009/11/18)
配合所得稅法有關綜合所得稅部分扣除額調整、金融商品課稅、營利事業以往年度虧損扣除年限延長、簡化稅政及調降稅率等相關修正規定之施行，財政部擬具「所得稅法施行細則」部分條文修正草案，經邀集相關單位討論獲致結論後，函請行政院審查，並奉核定，於今日發布實施。
財政部表示本次修正重點如下：
一、個人遭受不可抗力災害損失報請稽徵機關派員勘查之期限，由現行15日修正放寬為30日；另增訂未報經稽徵機關派員勘查，而能提出確實證據證明其損失屬實者，稽徵機關仍應核實認定之規定，以維護納稅義務人權益。(修正條文第10條之1)
二、結構型金融商品日新月異，為使該商品之課稅事宜更為明確，明定其適用範圍，並增訂個人與證券商或銀行從事結構型商品交易之所得額計算方式。(修正條文第17條之3)
三、配合所得稅法第24條第2項但書有關營利事業持有之短期票券發票日在中華民國99年1月1日以後者，其利息所得應計入營利事業所得額課稅之規定，增訂該短期票券利息所得之計算及其所含扣繳稅額得自營利事業所得稅結算申報應納稅額中減除之規定。另增訂營利事業持有上開短期票券於到期日前出售者，其財產交易損益之計算方式。(修正條文第31條之2)
四、配合所得稅法第44條及參照商業會計法第43條規定，修正存貨實際成本之估價方法，並增列個別辨認法及刪除簡單平均法。(修正條文第46條)
五、配合所得稅法第51條及第54條規定，修正固定資產之折舊方法，並增列採年數合計法及生產數量法者，各期折舊額之計算方式。(修正條文第48條)
六、個人於年度中死亡或於年度中廢止在中華民國境內居所或住所離境者，增列得由符合規定之納稅義務人申報為受扶養親屬。(修正條文第57條之1)
七、為改善以往所得稅法第73條之2規定營利事業未分配盈餘加徵之稅額得抵繳外國股東獲配股利之應扣繳稅額，可能造成國庫補貼外國投資人之不合理情事，爰修正該條規定，並配合修正外國股東獲配股利總額或盈餘總額所含稅額中，屬加徵10%營利事業所得稅部分實際繳納之稅額，得抵繳該股利淨額或盈餘淨額應扣繳稅額之計算公式及抵繳稅額上限。另增列營利事業於辦理98年度營利事業所得稅結算申報時，應依規定格式填報截至98年12月31日止已實際繳納之各年度未分配盈餘加徵10%營利事業所得稅之餘額。(修正條文第61條之1)
八、增訂獨資、合夥組織之營利事業依所得稅法第71條第2項或第75條第4項規定辦理結(決)算或清算申報，如有當期各類所得之扣繳稅額，得由獨資資本主或合夥組織合夥人按出資比例計算，於辦理同年度綜合所得稅結算申報時，自應納稅額中減除。(修正條文第65條之1)
九、配合所得稅法第88條第2項規定及基於衡平考量，增訂獨資、合夥組織之營利事業依法辦理申報或於申報後辦理更正，經稽徵機關核定增加營利事業所得額，或未依法自行辦理申報，經稽徵機關核定營利事業所得額，致增加獨資資本主或合夥組織合夥人之盈餘總額者，扣繳義務人應於核定通知書送達之次日起30日內，就應分配予非中華民國境內居住之獨資資本主或合夥組織合夥人之新增盈餘總額，辦理扣繳，並依規定繳納。(修正條文第82條)
財政部提醒民眾，如有查詢此次修正內容需要，可於財政部賦稅署網站（http://www.dot.gov.tw），點選「賦稅法規服務\賦稅法令條文全文檢索\所得稅法相關法規\所得稅法施行細則」」項下查詢。
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◎5. 進口貨物營業稅溢繳稅款應由海關退還
(財政部賦稅署 - 2009/11/18)
專營應稅貨物或勞務且依加值型及非加值型營業稅法（以下簡稱營業稅法）第4章第1節規定計算稅額之營業人進口貨物完納稅費後，嗣經海關核准退還其他進口稅費，致有溢繳營業稅案件，應由原進口地之海關核實退還。
財政部表示，現行進口貨物，除合於免稅規定者外，一律於進口時由海關代徵營業稅，故營業人進口貨物發生短徵、溢徵或短退、溢退之營業稅，亦應由海關辦理徵、退稅事宜。惟「海關代徵營業稅稽徵作業手冊」参、十四但書將專營應稅貨物或勞務且按營業稅法第4章第1節計算稅額之營業人進口貨物溢繳營業稅案件，排除於由原進口地海關辦理退稅之範圍，造成該等營業人需另向稽徵機關申請退稅之困擾。基於作業一致性及簡政便民原則，進口貨物營業稅之徵收或退稅，宜由同一機關處理，爰刪除上開作業手冊参、十四但書規定，亦即所有營業人進口貨物發生短徵、溢徵或短退、溢退之營業稅，均應由海關一併辦理徵、退稅事宜。
該部特別提醒營業人，海關核退進口貨物溢繳之營業稅額，屬進項稅額之減少。因此，加值型營業人如已持憑海關代徵營業稅繳納證扣抵聯申報扣抵銷項稅額後，始經海關核退同筆進口貨物溢繳之營業稅額者，營業人應依該部92年1月10日台財稅字第0910456851號令規定於發生退稅當期申報扣減營業稅進項稅額，如漏未申報，則形同虛報進項稅額，一經查獲，將依營業稅法第51條規定追補稅款並處以罰鍰。
此外，該部進一步補充說明，該部92年8月4日台財稅字第0920454034號函釋有關進口貨物未經使用即報關退運出口如何申請辦理退還營業稅之程序，因涉及上開作業手冊参、十四但書規定之適用，故配合該但書刪除，該部同時廢止該函，另以98年11月18日台財稅字第09804546160號令釋重新規範，以利徵納雙方遵循。
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◎6. 營利事業於98年5月29日前辦理決算或清算申報不實者，不罰
(財政部臺北市國稅局 - 2009/11/18)
財政部臺北市國稅局表示，營利事業於98年5月29日前辦理決算或清算申報而有漏報或短報情事者，應不予處罰。
該局說明，所得稅法第110條已於98年5月27日修正公布，並自同年月29日生效。本次修正為避免營利事業辦理決算或清算申報不實，影響稅收及納稅風氣，爰增列營利事業辦理決算及清算申報不實亦應予處罰之規定。因此，營利事業在98年5月29日修正所得稅法施行前辦理決算或清算申報而有漏報或短報情事者，依行政罰法第4條規定，本於「處罰法定主義」，應依行為時之法律即修正前所得稅法第110條及財政部89年5月9日台財稅第0890450921號函釋有關「短漏報決清算申報者補稅不罰」規定，不予處罰。
該局舉例，甲公司於96年12月5日辦妥解散登記，並於97年1月11日辦理決算申報，嗣經查得該公司辦理96年度營所稅決算申報時，匿報所得額157,031元，依修正後所得稅法第110條第1項規定，應按所漏稅額29,257元(157,031× 25%－ 10,000)處2倍以下之罰鍰，但依前揭說明，本案應予免議不罰。
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◎7. 營利事業計算基本所得額誤用以往年度虧損扣除數額，需再補稅
(財政部臺灣省南區國稅局 - 2009/11/19)
財政部臺灣省南區國稅局表示，自95年1月1日起實施最低稅負新制後，營利事業在辦理各年度所得稅結算申報時，必須一併填報所得基本稅額申報表，營利事業的基本所得額是指依「所得稅法規定計算之課稅所得額」加計該條例第7條第1項各款所得額後之合計數。
上述所稱「依所得稅法規定計算之課稅所得額」係指依所得稅法第24條或第41條規定計算之所得額，減除依所得稅法及其他法律規定停（免）徵或免納營利事業所得稅之所得額及所得稅法第39條規定以往年度營業虧損後之金額。
公司組織之營利事業，會計帳冊簿據完備，虧損及申報扣除年度均使用藍色申報書或經會計師簽證申報者，於計算所得稅法規定之課稅所得額時，固可依所得稅法第39條規定扣除以往年度營業之虧損，惟只有在計算至尚未減除以往年度虧損前有盈餘時，才再減除以往年度營業虧損且最多減至課稅所得額為零。
舉例來說，該局日前查核某建設公司96年度營利事業所得稅結算申報案，列報全年所得額2,600萬元，減除停徵所得稅之證券交易所得2,500萬元及前5年核定虧損扣除額550萬元後之課稅所得額為-450萬元，同時列報96年度基本所得額時，是以課稅所得額-450萬元加計證券交易所得2,500萬元後為2,050萬元，並繳納所得基本稅額185萬元。
該局審查後發現申報之課稅所得額，係將以前年度之虧損550萬元全數扣除，使課稅所得額成為-450萬元，事實上可以申報減除之前5年虧損扣除額只有100萬元（2,600萬元-2,500萬元），該局最後核定課稅所得額為0元，加回證券交易所得2,500萬元後之基本所得額為2,500萬元，應納所得基本稅額為230萬元，需補繳稅款45萬元。
該局籲請營利事業依所得基本稅額條例規定計算基本所得額時，應依前揭規定辦理，以正確計算所得基本稅額，以免遭補稅。
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◎8. 營利事業修繕或購置固定資產，其耐用年限超過二年，或支出金額超過新臺幣八萬元，應列作資本支出
(財政部臺北市國稅局 - 2009/11/20)
財政部臺北市國稅局表示，自98年9月16日起，營利事業修繕或購置固定資產，其耐用年限超過2年，或支出金額超過新臺幣8萬元，應列作資本支出。
該局說明，98年9月14日修正公布營利事業所得稅查核準則第77條之1規定，營利事業修繕或購置固定資產，其耐用年限不及2年，或其耐用年限超過2年，而支出金額不超過新臺幣8萬元者，得以該金額列為當年度費用。但整批購置大量器具，每件金額雖未超過新臺幣8萬元，其耐用年限超過2年者，仍應列作資本支出。有關修繕或購置固定資產可列為當年度費用之金額，距前次87年3月31日修正營利事業所得稅查核準則迄今，物價上漲已達125﹪以上，基於簡化帳務處理及考量消費者物價變動影響，修正調高該支出金額由原來的新臺幣6萬元調高為新臺幣8萬元。
該局呼籲，營利事業如有修繕或購置固定資產，應自修正營利事業所得稅查核準則第77條之1公布日起第3日，即98年9月16日起依新規定辦理。
