1. 買賣公司債及金融債券之證券交易稅停徵7年
2. 進項憑證主張扣抵銷項稅額之納稅義務人應負擔證明責任
3. 公司清算逾期申報者不適用盈虧互抵
4. 修正發布「遺產及贈與稅法施行細則」第44條條文
5. 不同納稅主體之營業人，不能相互扣除累積留抵稅額
6. 電子申報各類所得憑單之製單流水號不可重複
7. 供分離式冷暖氣機用之「送風機」應課徵貨物稅
◎1. 買賣公司債及金融債券之證券交易稅停徵7年
(財政部臺北市國稅局 - 2010/1/11)
財政部臺北市國稅局表示，證券交易稅條例增訂第2條之1業經總統公布，自中華民國99年1月1日起7年內暫停徵公司債及金融債券之證券交易稅。爰買賣公司債或金融債券之證券交易稅仍繼續停徵。
該局說明，促進產業升級條例第2章租稅減免及第70條之1施行至98年12月31日，因此該條例第20條之1有關買賣公司債及金融債券免徵證券交易稅之規定，亦於98年12月31日落日。惟考量金融風暴之衝擊，如恢復課徵公司債及金融債券之證券交易稅，恐對債券市場有不利影響，爰增訂證券交易稅條例第2條之1，明文自今（99）年1月1日至105年12月31日暫停課徵買賣公司債及金融債券之證券交易稅，期能達成活絡債券市場，以協助企業籌資及促進資本市場健全發展之目標。
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◎2. 進項憑證主張扣抵銷項稅額之納稅義務人應負擔證明責任
(財政部臺灣省北區國稅局 - 2010/1/11)
(桃園訊)財政部臺灣省北區國稅局表示，依加值型及非加值型營業稅法第15條第1項、第3項及第51條第5款規定，營業人當期銷項稅額，扣減進項稅額後之餘額，為當期應納或溢付營業稅額，其進項稅額，指營業人購買貨物或勞務時，依規定支付之營業稅額，若有虛報進項稅額情事，除追繳稅款外，按所漏稅額處1 倍至10倍罰鍰，並得停止其營業。
北區國稅局指出，轄內甲公司於90至93年間無進銷貨事實，虛開統一發票予乙公司等3 家公司，同時取具丙公司等10家公司開立之統一發票，作為進項憑證申報扣抵銷項稅額，虛報進項稅額1億餘萬元，遭補稅並處罰。甲公司主張相關年度帳冊憑證資料已遭調查站查扣，案件正由法院審理未能發還，故未能提示實際進銷交易帳冊憑證，屬不可歸責之事由云云。
經該局查核發現，有關課稅處分之要件事實，其為課稅公法關係發生者，如營利事業所得稅有關營業收入，固應由稅捐稽徵機關負舉證責任；惟例如費用、成本及損失等應行扣減之項目，則屬於課稅公法關係發生後之消滅事由，若納稅義務人不提示憑證，從證據掌控或利益歸屬之觀點，法院即無職權調查之空間，自應由主張扣抵之納稅義務人負擔證明責任。依法院就查扣甲公司之帳簿憑證等相關資料，判決甲公司係以帳面上虛偽記載及資金匯入匯出方式，虛增營業收入裝飾帳面，並無實際貨物進出，是甲公司之傳票憑證、會計科目及財務報表等帳簿憑證多為不實記載，縱甲公司能提示帳簿憑證供核，亦難證明甲公司確有與該等公司進銷貨之事實；且依甲公司聲請調閱上揭刑事案卷全宗後，並依甲公司所請調閱相關證物供其查對，若甲公司確有與上揭公司進、銷貨之交易事實，應不難提出證據以實其說，惟甲公司對於其與上揭公司確有進、銷貨之事實，未能具體舉證以實其說，無法證明導致事實真偽不明之不利益自應歸諸甲公司，難認甲公司主張為有理由，全案業經臺北高等行政法院判決駁回。
該局呼籲營業人對外營業事項發生應確有進、銷貨之事實，若查獲虛偽而未能具體舉證，虛報進項稅額已構成逃漏稅，應依規定追補稅額並處罰鍰。
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◎3. 公司清算逾期申報者不適用盈虧互抵
(財政部臺灣省北區國稅局 - 2010/1/12)
(桃園訊) 財政部臺灣省北區國稅局表示，公司組織之營利事業，遇有解散、廢止或轉讓情事，其清算期間之清算所得應於清算結束之日起30內申報，逾期申報者不適用前十年各期核定虧損扣除之規定。
該局說明，公司辦理清算，依所得稅法規定，其申報清算所得之時限，應以實際辦理清算完結之日為準起算，惟清算人如未於就任之日起6個月內清算完結，亦未報經法院核准展期者，應以6個月期間屆滿之日為準起算。又公司會計帳冊簿據完備，虧損及申報扣除年度均使用藍色申報書或經會計師查核簽證，並如期申報清算所得者，可適用盈虧互抵規定，准予扣除經稽徵機關核定之前十年內各期虧損，故若逾法定申報期限申報者，則不得適用盈虧互抵之規定。
該局特別提醒，公司於辦理營利事業所得稅各項申報時，應注意相關申報期限，以維自身權益。
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◎4. 修正發布「遺產及贈與稅法施行細則」第44條條文
(財政部賦稅署 - 2010/1/13)
財政部表示，「遺產及贈與稅法施行細則」第44條有關以遺產中或受贈財產中之公共設施保留地抵繳遺產稅、贈與稅之規定，業經修正並於本（99）年1月13日發布施行。
財政部指出，此次修正公共設施保留地之抵稅規定，主要考量98年1月21日修正公布本法第30條第4項已明定不易變價或保管或時價低落之課徵標的物採限額抵繳，而屬於不易變價且免徵遺產稅、贈與稅之公共設施保留地，更應予合理限制，俾避免免稅財產之抵繳優於應稅財產（課徵標的物）之不合理情事。同時鑑於現行公共設施保留地之抵繳價值係按公告現值計算，遠高於該等土地之市價，為遏止有心人士藉低價買進此類土地抵繳高額稅款之投機現象，避免形成稅制不公，爰配合本法第30條實物抵繳之規範意旨，將原准以公共設施保留地全額抵繳之稅額，修正為按該公共設施保留地之價值占全部遺產總額或受贈財產總額比例計算之應納稅額為限，其計算方式如下：公共設施保留地得抵繳遺產稅或贈與稅之限額＝依遺產及贈與稅法計算之應納遺產稅額或贈與稅額×（申請抵繳之公共設施保留地財產價值÷全部遺產總額或受贈財產總額）
財政部進一步說明，為兼顧公共設施保留地原始持有者之權益，對於土地經都市計畫劃設為公共設施保留地前已為被繼承人或贈與人所有，或於劃設後因繼承移轉予被繼承人或贈與人所有，且於劃設後至該次移轉前未曾以繼承以外原因移轉者，仍得以該公共設施保留地全數抵繳遺產稅或贈與稅款，亦即公共設施保留地於土地所有權人持有後始被劃設為公共設施保留地者，於其死亡時，納稅義務人得以該公共設施保留地全額抵繳遺產稅，至抵繳後如尚有剩餘持分，該剩餘部分之繼承人嗣後死亡時，仍得據以全額抵繳，以充分顧及納稅義務人權益。
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◎5. 不同納稅主體之營業人，不能相互扣除累積留抵稅額
(財政部臺灣省南區國稅局 - 2010/1/13)
南區國稅局表示，未經財政部核准由總公司合併申報營業稅的營業人，如總公司因違反營業稅法相關規定構成違章，在計算漏稅額時，並不得扣除分公司的累積留抵稅額。
甲公司漏報營業稅銷售額，經國稅局查獲，除追繳稅款外，同時按所漏稅額處2倍罰鍰。甲公司不服，主張總公司與分公司負責人相同，實質上為同一納稅主體，應以扣除分公司累積留抵稅額後之餘額為其漏稅額再據以處罰等理由，提起行政救濟，但遭最高行政法院判決敗訴。
最高行政法院判決理由指出，甲公司並非依營業稅法第38條第2項規定申請由總機構合併申報銷售額及應納或溢付營業稅額的營業人，依同法條第1項規定，甲公司與其分公司仍屬不同的營業稅納稅主體，分公司的營業稅累積留抵稅額並非甲公司所有，所以甲公司被查獲漏報銷售額，在計算漏稅額時，自不得扣除分公司的累積留抵稅額。國稅局按甲公司所漏營業稅額處罰，並沒有錯誤，因此判決甲公司敗訴。
國稅局提醒營業人，除非已依規定申請合併申報營業稅，否則營業人的總機構與所屬其他固定營業場所，是不同的營業稅納稅主體，如果被查獲有營業稅違章事實，於計算漏稅額時，是不能相互扣除累積留抵稅額。
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◎6. 電子申報各類所得憑單之製單流水號不可重複
(財政部臺北市國稅局 - 2010/1/15)
財政部臺北市國稅局表示，扣繳義務人辦理各類所得扣繳申報，如因情形特殊同時採用媒體及網路申報辦理者，其製單流水號不可重複（第1位可為文數字，第2位至第8位為數字），網路申報之各類所得資料必需彙總合併上傳。
該局說明，同一申報單位由不同部門分別錄製各類所得資料媒體檔案，分別採用媒體及網路辦理申報者，例如：薪資、盈餘分別由不同單位處理時（即盈餘委由股務代理人外包作業），得選擇盈餘採媒體申報，薪資連同其他所得資料採網路申報，除必須以申報單位之統一編號、格式順序合併，從００００００００號開始依序編製流水號（8位，第1位可為文數字，第2位至第8位為數字）不得重複外，另須於媒體檔案遞送單「資料名稱」欄上註明「尚有其他資料」。採用網路申報及更正各類所得扣(免)繳憑單及股利憑單，應將所有類別之所得資料彙總合併一次傳送申報，如僅傳送部分資料辦理申報或更正，即造成後送申報所得資料覆蓋掉前次申報所得資料。
該局舉例，甲公司有分配股利資料30,000筆，由股務代理人代為辦理媒體申報，甲公司第1次自行以網路申報薪資所得資料計80筆，若第2次申報5筆租賃所得時，未將薪資、租賃等共85筆所得資料彙總為一個完整檔案上傳，將因後檔資料覆蓋前檔資料，造成網路申報檔中僅有5筆租賃所得資料，而無原先申報80筆薪資資料情形，將嚴重影響納稅義務人5月份查調所得資料之正確性。
該局呼籲，請扣繳單位及營利事業注意，應確實依「98年度綜合所得稅資料電子申報作業要點」相關規定，辦理各類所得憑單媒體及網路申報，以避免徵納雙方及所得人之困擾。
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◎7. 供分離式冷暖氣機用之「送風機」應課徵貨物稅
(財政部臺灣省北區國稅局 - 2010/1/15)
(桃園訊) 財政部臺灣省北區國稅局表示，最近查核轄內產製中央系統型冷暖氣機之貨物稅廠商發現，有部分廠商假藉供中央系統型冷暖氣機用之「送風機」名義，實際上係出售分離式冷暖氣機之「室內機」，經該局查獲，補徵貨物稅計200餘萬元，預估罰鍰600餘萬元。
該局指出，由主機、空調箱、送風機等組成之中央系統型冷暖氣機，應於主機或壓縮機進口或國內產製出廠時，依中央系統型及汽車冷暖氣機貨物稅折算課徵辦法第3條規定，加成申算為整台冷暖氣機課徵貨物稅，故供中央系統型冷暖氣機使用之「送風機」因前揭折算課徵辦法，廠商於銷售時不需繳納貨物稅。惟依規定出售分離式冷暖氣機不論「室內機」或「室外機」，均需繳納貨物稅；因此有部分廠商假藉供中央系統型冷暖氣機用之「送風機」名義，實際上係出售分離式冷暖氣機之「室內機」，已構成涉嫌逃漏貨物稅情形。
該局呼籲，由於逃漏貨物稅罰則不輕，對於未依規定辦理產品登記，擅自產製應稅貨物出廠者，經查獲除補徵稅款外，按補徵稅額處1倍至3倍罰鍰，為維護自己權益，請廠商自行檢視是否有上述情形，如有上述情形，在稽徵機關尚未查獲前請儘速向所轄國稅局自動補報補繳稅款，避免違法得不償失。
