1. 營利事業屬獨資、合夥組織，其應納稅款及扣繳稅款問題
2. 財政部核定「98年度個人出售房屋未申報或已申報而未能提出證明文件之財產交易所得標準」。
3. 財政部核定「98年度自力耕作漁林牧收入成本及必要費用標準」及「98年度財產租賃必要損耗及費用標準」。
4. 營業人銷售貨物或勞務所收取之違約金或賠償款應開立統一發票
5. 國外緊急就醫之醫療費用得適用列舉扣除之條件
6. 申報期間截止後才發現扣（免）繳憑單填報錯誤，該如何申請更正？
7. 即日起提供修正後薪資所得扣繳稅額繳款書及各類所得扣繳稅額繳款書
8. 核釋上市(櫃)公司轉讓或註銷庫藏股票之損失，如有沖減尚未計算及加徵營所稅之保留盈餘者，得自辦理94年度未分配盈餘申報起，列為減除項目
9. 請儘速釐正扣(免)繳及股利憑單異常退查資料
◎1. 營利事業屬獨資、合夥組織，其應納稅款及扣繳稅款問題
(財政部臺北市國稅局 - 2010/2/8)
財政部臺北市國稅局表示，獨資、合夥組織之營利事業，自辦理98年度營利事業所得稅結算申報起，無須計算及繳納其應納之結算稅額。
該局說明，98年5月27日修訂公布所得稅法第71條及98年11月18日修訂公布所得稅法施行細則增訂第65條之1規定，獨資、合夥組織之營利事業，於辦理結算申報時，其營利事業所得額，應由獨資資本主或合夥組織合夥人依所得稅法第14條第1項第1類規定列為營利所得，依稅法規定課徵綜合所得稅。故屬獨資、合夥組織之營利事業於辦理所得稅結算申報時，不須繳納其應納之結算稅額，如當期有各類所得之扣繳稅款，可按出資比例，在辦理同年度綜合所得稅結算申報時，從應納稅額中減除。
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◎2. 財政部核定「98年度個人出售房屋未申報或已申報而未能提出證明文件之財產交易所得標準」。
(財政部高雄市國稅局 - 2010/2/9)
財政部高雄市國稅局表示：財政部日前核定「98年度個人出售房屋未申報或已申報而未能提出證明文件之財產交易所得標準」。上開標準相較於97年度者，並無變動。
依據所得稅法施行細則第17條之2規定，個人出售房屋，如能提出交易時之成交價額及成本費用之證明文件者，其財產交易所得之計算，依所得稅法第14條第1項第7類規定核實認定，其財產交易所得計算方式如下：
一、 財產或權利原為出價取得者，以交易時之成交價額，減除原始取得之成本，包括購入房屋達可供使用狀態前支付之必要費用，如契稅、印花稅、代書費、規費、監證或公證費、仲介費等，及因取得、改良及移轉該項資產而支付之一切費用，如仲介費、廣告費、清潔費、搬運費等，該餘額即為所得額。
二、 財產或權利原為繼承或贈與而取得者，以交易時之成交價額，減除繼承時或受贈與時該項財產或權利之時價及因取得、改良及移轉該項財產或權利而支付之一切費用後之餘額為所得額。
三、 個人購買或取得股份有限公司之記名股票或記名公司債、各級政府發行之債券或銀行經政府核准發行之開發債券，持有滿一年以上者，於出售時，得僅以其交易所得之半數作為當年度所得，其餘半數免稅。
又個人出售房屋，如未申報或未能提出交易時之成交價額及成本費用等證明文件者，稽徵機關得依財政部核定之標準計算其財產交易所得，其98年度標準如下：
一、 直轄市部分：
（一） 臺北市：依房屋評定現值之百分之二十九計算。
（二） 高雄市：依房屋評定現值之百分之十九計算。
二、 準用直轄市之縣部分：
（一） 市：依房屋評定現值之百分之十六計算。
（二） 鄉鎮：依房屋評定現值之百分之八計算。
三、 其他縣（市）部分：
（一） 市（即原省轄市）：依房屋評定現值之百分之十三計算。
（二） 縣轄市：依房屋評定現值之百分之十計算。
（三） 鄉鎮：依房屋評定現值之百分之八計算。
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◎3. 財政部核定「98年度自力耕作漁林牧收入成本及必要費用標準」及「98年度財產租賃必要損耗及費用標準」。
(財政部高雄市國稅局 - 2010/2/9)
財政部高雄市國稅局表示：財政部日前核定「98年度自力耕作漁林牧收入成本及必要費用標準」及「98年度財產租賃必要損耗及費用標準」。上開二項標準相較於97年度者，並無變動。
依據所得稅法施行細則第15條第1 項規定，租賃所得及權利金所得必要損耗及費用之減除，納稅義務人能提具確實證據者，從其申報數；其未能提具確實證據或證據不實者，稽徵機關得依財政部核定之減除標準調整之。另依同細則第17條第1項規定，自力耕作、漁、牧、林、礦所得成本及必要費用之減除，納稅義務人有完備會計紀錄及確實憑證者，應依申報數核實減除；其無完備會計紀錄及確實憑證者，稽徵機關得依財政部核定之標準調整之，故財政部每年均會檢討核定上開二項標準，作為稽徵機關核課之依據。
「98年度自力耕作漁林牧收入成本及必要費用標準」如下：
一、 有賦額土地：不論種植何種作物，其自力耕作收入，均按賦額計算。成本及必要費用之減除：
（一） 自耕部分：為收入之百分之一百。
（二） 承耕部分（包括三七五租金）：為收入之百分之一百。
二、 無賦額土地：農業收入，按調查之資料核定。成本及必要費用為收入之百分之一百。
三、 漁獲：養魚、養蝦、養鰻、捕魚收入，按調查之資料核定。成本及必要費用為收入之百分之一百。
四、 林產：林產收入（包括木材、薪材、竹材），按調查之資料核定。成本及必要費用為收入之百分之一百。
五、 畜牧：各種畜牧收入（包括一般畜牧、養豬、生乳、蛋雞、肉雞、種雞、蛋鴨、種鴨、肉鴨、養蠶、鹿茸、乳鴿），均按調查之資料核定。成本及必要費用為收入之百分之一百。
另「98年度財產租賃必要損耗及費用標準」如下：
一、 固定資產：必要損耗及費用減除百分之四十三；但僅出租土地之收入，只得減除該土地當年度繳納之地價稅，不得減除百分之四十三。
二、 農地：出租人負擔水費者減除百分之三十六；不負擔水費者減除百之三。
三、 林地：出租人負擔造林費用或生產費用者減除百分之三十五；不負擔造林費用者，其租金收入額悉數作為租賃所得額。
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◎4. 營業人銷售貨物或勞務所收取之違約金或賠償款應開立統一發票
(財政部臺北市國稅局 - 2010/2/9)
財政部臺北市國稅局表示，營業人銷售貨物或勞務所收取之賠償款或違約金，係銷售貨物或勞務在價格外加收之費用，屬營業稅法規定之銷售範圍，應依法開立統一發票。
該局指出，依營業稅法規定之銷售額為營業人銷售貨物或勞務所收取之全部代價，包括營業人在銷售貨物或勞務之價額外收取之一切費用。惟所收取之違約金是否需開立發票，常造成營業人混淆，簡單區分就是銷方因買方違約所加收之違約金需開立統一發票；買方因銷方違約所加收之違約金，非屬營業銷售範圍免開立統一發票。
該局說明，如營業人出租土地，承租人因故未能如期支付租金，營業人加收之違約金，應依規定開立統一發票；另如營業人銷售貨物或勞務因買受人延遲付款而加收之利息，亦屬上開規定之銷售額範圍，亦應於加收利息時開立統一發票；再如營業人出租房屋，承租人如於租賃期間損壞房屋內設施，營業人亦應於收到賠償款時，開立統一發票；但如買方營業人因銷方延遲交貨，而取得之賠償款收入，因非屬營業稅法上規定之銷售範圍，則免開立統一發票。
該局呼籲，營業人如有銷售貨物或勞務所收取之賠償款或違約金情形，請自行檢視有無應依法開立統一發票交與買受人並報繳營業稅，以免被查獲受處罰。
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◎5. 國外緊急就醫之醫療費用得適用列舉扣除之條件
(財政部臺灣省北區國稅局 - 2010/2/9)
（桃園訊）納稅義務人因國外緊急就醫之醫療費用，向中央健康保險局申請醫療費用部分給付，經健保局核定未獲給付部分，得檢附健保局出具費用項目及金額之證明暨加蓋健保局印章之原醫藥費收據影本，即得自其綜合所得總額中列舉扣除。
財政部臺灣省北區國稅局表示：「納稅義務人、配偶或受扶養親屬之醫藥費及生育費，以付與公立醫院……或經財政部認定其會計紀錄完備正確之醫院者為限。但受有保險給付部分，不得扣除。」為所得稅法第17條第1項第2款第2目之3所規定。故納稅義務人因國外緊急就醫之醫療費用，以醫療費用之收據正本向健保局申請醫療費用給付，如有部分未獲給付，健保局又未能退回其收據正本時，依財政部89年4月27日台財稅第0890453133號函規定，納稅義務人得依健保局開立之核定通知書差額部分之證明暨加蓋健保局印章之原醫藥費收據影本申報扣除。
該局特別提醒納稅義務人若有上述情形，申請健保局核發部分醫療費用而部分未獲給付時，於收訖健保局核發之核定通知書應予留存，以備於綜合所得稅結算申報時，檢據申請自其綜合所得總額中列舉扣除。
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◎6. 申報期間截止後才發現扣（免）繳憑單填報錯誤，該如何申請更正？
(財政部高雄市國稅局 - 2010/2/9)
財政部高雄市國稅局表示：98年度各類所得資料扣(免)繳憑單及股利憑單申報已於2月1日截止，近來常有扣繳單位來電詢問，已經辦理各類所得扣（免）繳憑單申報，現在發現申報錯誤要如何申請更正？
該局就不同錯誤型態，分別將其更正方式說明如下：
（一）扣繳憑單之納稅義務人國民身分證統一編號填寫錯誤，應填寫申請書並檢附：
1.納稅義務人國民身分證影本
2.原填報扣（免）繳憑單第3聯（存根聯）
3.更正後扣（免）繳憑單第1聯（報核聯）
（二）給付總額、稅額錯誤，應填寫申請書並檢附：
1.帳簿
2.薪資印領清冊（或收據）
3.更正前原扣（免）繳憑單第3聯（存根聯）
4.更正後扣（免）繳憑單第1聯（報核聯）
5.原申報「各類所得扣繳暨免扣繳憑單申報書」第2聯
6.更正後「各類所得扣繳暨免扣繳憑單申報書」全份
7.各類所得扣繳暨免扣繳憑單申報書更正、註銷明細表
8.綜合所得稅各類所得資料更正、註銷明細表
該局特別提醒扣繳單位，如有申報錯誤請依上述規定逕向所屬分局、稽徵所辦理更正。
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◎7. 即日起提供修正後薪資所得扣繳稅額繳款書及各類所得扣繳稅額繳款書
(財政部臺北市國稅局 - 2010/2/10)
財政部臺北市國稅局表示，財政部訂頒修正後薪資所得扣繳稅額繳款書及各類所得扣繳稅額繳款書，自即日起提供申報單位使用，設籍臺北市之扣繳單位，請就近向該局任一分局、稽徵所或總局服務櫃台索取。
該局說明，因應所得稅法及各類所得扣繳率標準修正發布，「薪資所得扣繳稅額繳款書」及「各類所得扣繳稅額繳款書」配合修訂部分欄位，扣繳單位可至財政部稅務入口網站（http://www.etax.nat.gov.tw）列印條碼化繳款書，至公庫或代收稅款處繳納，若繳納金額在2萬元下者，在繳納期間內可至統一超商、全家、萊爾富、來來OK等便利商店營業門市繳納。設籍臺北市之申報單位如有需要，亦可就近向該局任一分局、稽徵所或總局服務櫃台索取修正後繳款書。
該局籲請各扣繳單位之扣繳義務人應確實依財政部新頒訂書表格式詳實填寫及繳稅。
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◎8. 核釋上市(櫃)公司轉讓或註銷庫藏股票之損失，如有沖減尚未計算及加徵營所稅之保留盈餘者，得自辦理94年度未分配盈餘申報起，列為減除項目
(財政部賦稅署 - 2010/2/11)
上市、上櫃公司轉讓或註銷其依證券交易法第28條之2規定購買庫藏股票所產生之損失，依據財務會計準則公報第30號「庫藏股票會計處理準則」第10段及第13段規定，應先沖抵同種類庫藏股票交易所產生之資本公積，如有不足，再借記保留盈餘。依據財政部92年12月4日台財稅字第0920456602號令第2點規定，庫藏股票交易損失於沖抵同種類庫藏股票交易所產生之資本公積，仍有不足而沖抵保留盈餘後，如有以當年度(指庫藏股票交易年度)之稅後盈餘沖抵部分，該沖抵之金額可列為計算所得稅法第66條之9規定未分配盈餘之減除項目，惟沖抵之保留盈餘如屬尚未申報及加徵10％營利事業所得稅之上年度盈餘部分，不得列為計算該年度未分配盈餘之減除項目。
財政部表示，配合95年5月30日修正公布之所得稅法第66條之9之規定，應加徵10%營利事業所得稅之未分配盈餘以依商業會計法規定處理之可供分配盈餘為準，為使加徵10％營利事業所得稅之未分配盈餘更趨近於營利事業實際保留盈餘，該部爰核釋自95年度以後年度起之庫藏股票交易損失，於依序沖抵同種類庫藏股票交易所產生之資本公積、86年度以前年度保留盈餘及87年度及以後年度之保留盈餘，其屬依序沖抵庫藏股票交易上年度及當年度稅後盈餘部分，得分別列為計算庫藏股票交易上年度及當年度應加徵10%營利事業所得稅未分配盈餘之減除項目。舉例說明如下：
假設B公司96年3月1日轉讓庫藏股票發生損失2,100萬元，帳載相關股東權益科目及該損失沖抵金額如附表：
B公司庫藏股票交易損失(2,100萬元)於依序沖抵同種類庫藏股票之交易所產生之資本公積(500萬元)、86年度以前年度保留盈餘(300萬元)或87年度至庫藏股票交易上上年度(94年度)之保留盈餘(600萬元)後，仍有不足而再沖抵庫藏股票交易上年度(95年度300萬元)及當年度(96年度400萬元)稅後盈餘時，得分別列為計算庫藏股票交易上年度及當年度應加徵10%營利事業所得稅未分配盈餘之減除項目。
財政部說明，營利事業依前開財務會計準則公報規定沖抵保留盈餘時，如有由87年度以後年度之累積未分配盈餘沖抵者，該沖抵之未分配盈餘所含之可扣抵稅額，仍應依財政部92年12月4日台財稅字第0920456602號令第3點及第4點規定計算，自當年度股東可扣抵稅額帳戶餘額中減除。公司如有以轉讓或註銷庫藏股票所產生之損失沖抵87年度以後年度之保留盈餘者，其所含之可扣抵稅額應依前開規定自沖抵當年度股東可扣抵稅額帳戶餘額中減除，以避免產生超額分配情形。
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◎9. 請儘速釐正扣(免)繳及股利憑單異常退查資料
(財政部臺北市國稅局 - 2010/2/12)
財政部臺北市國稅局表示，98年度各類所得扣（免）繳憑單及股利憑單資料媒體申報異常案件，已陸續通知申報單位依限補正，請申報單位於接獲退查通知後，儘速於99年2月底前釐正並回報所轄分局、稽徵所。
該局說明，本年度各類所得扣（免）繳憑單及股利憑單資料媒體申報異常遭退查之申報單位，大多數係使用自行設計申報程式，未依規定於98年12月底前將媒體檔案送所轄稽徵機關測試，或未依「綜合所得稅資料電子申報作業要點」規定建檔。另申報資料經審核後，其異常情形，以地址欄項之數字未以全型字元建檔、所得資料檔之檔案編號流水號編製重覆，以及外僑或大陸地區人民無統一證號須改人工申報情形為多數。
該局指出，申報單位如未依限回報正確之媒體檔案或未依限補送人工申報憑單，稽徵機關將無法於4月底前完成所得檔釐正作業，進而嚴重影響5月份所得稅結算申報期間納稅義務人查詢所得資料之正確性。另稽徵機關對未據實申報之營利事業、扣繳單位及信託行為之受託人，將依所得稅法相關規定處以罰鍰。
該局提醒收到退查通知之申報單位，儘速查明釐正後依限回報所轄分局、稽徵所，以避免徵納雙方困擾。
