1. 未申請核准放棄免稅逕自開立應稅統一發票及申報應稅銷售額之營業人，請於99年9月30日前向所在地主管稽徵機關補申請放棄免稅，以免受罰
2. 扣（免）繳憑單退查通知單請儘速查對更正，並於99年7月底前回報
3. 在稽徵機關進行調查前，自動補報並補繳所漏稅款者，即可適用免罰規定
4. 派駐子公司人員薪資支出、保險費及伙食費不得列為費用或損失
5. 非營利事業、機關、團體、組織將其土地容積移轉權益，出售與他人取得收入，應依法報繳營業稅
6. 免視為員工薪資所得部分之研發人員伙食費，不得適用投資抵減
7. 申報「大額」之捐贈列舉扣除額，請保留相關資金證明文件以供稽徵機關查核
◎1. 未申請核准放棄免稅逕自開立應稅統一發票及申報應稅銷售額之營業人，請於99年9月30日前向所在地主管稽徵機關補申請放棄免稅，以免受罰
(財政部臺灣省北區國稅局 - 2010/6/7)
（桃園訊）財政部臺灣省北區國稅局表示：近來發現營業人有銷售免稅貨物或勞務，在未報經稽徵機關核准放棄適用免稅，即逕自開立應稅統一發票及申報應稅銷售額，因而衍生爭議情形。
該局說明，按加值型及非加值型營業稅法（以下簡稱營業稅法）第8條第2項規定：「銷售前項免稅貨物或勞務之營業人，得申請財政部核准放棄適用免稅規定，依第4章第1節規定計算營業稅額。但核准後3年內不得變更。」上開條文之立法意旨，係為使營業人做有利之選擇，但為避免營業人在進項金額多時放棄免稅、進項金額少時申請免稅之取巧行為，爰規定須經申請核准放棄免稅，且自核准後3年內不得變更。
該局進一步說明，銷售免稅貨物或勞務之營業人，未申請核准放棄適用免稅，逕自開立應稅統一發票及申報應稅銷售額者，其銷售免稅貨物或勞務之時，即開立應稅統一發票並以應稅銷售額申報營業稅，且未有藉應稅、免稅交互開立統一發票，規避稅賦稅者（即自始均以應稅開立發票者），得於今（99）年9月30日前補填「營業人申請放棄適用免稅規定銷售額分析表」，向所在地稽徵機關申請，轉陳財政部核定，方得核准自開始銷售免稅貨物或勞務申報應稅銷售額之當期適用放棄免稅。
該局特別呼籲營業人，為維護自身之權益，請自行檢視有無因一時疏忽而發生前項情事，並於期限前補辦理。逾期未申請放棄免稅經國稅局查獲者，將會以違反營業稅法第51條第5款規定裁處。
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◎2. 扣（免）繳憑單退查通知單請儘速查對更正，並於99年7月底前回報
(財政部臺北市國稅局 - 2010/6/8)
財政部臺北市國稅局表示，98年度扣（免）繳暨股利憑單退查通知單，已函送各扣繳單位或營利事業辦理更正手續。請扣繳義務人或營利事業查對補正後，並於扣繳義務人簽章欄加蓋章戳，儘速於99年7月底前回報各分局、稽徵所。
該局對扣免繳暨股利憑單資料退查相關說明如下：
（一）所得人國民身分證統一編號錯誤者，請查對所得人國民身分證或戶口名簿，屬填寫錯誤者，請將正確資料填入通知單相關欄項，並更正原始紀錄資料；如查對結果原申報無誤者，則請檢附所得人國民身分證﹝或戶口名簿﹞正反面影本，並在備註欄註明「查對無誤，並附證明」等字樣後一併回報。
（二）扣繳單位或營利事業統一編號錯誤，已由稽徵機關查明更正者，嗣後請按稽徵機關填註之『正確扣繳單位統一編號』填報。若屬原給號錯誤者，稽徵機關已主動洽請給號機關重新給號，並在通知單內填註「原給號錯誤已更正為○○號」，請扣繳義務人及營利事業更正原始紀錄資料，若已刻有統一編號章戳者，則請更換新章。
該局指出，扣繳義務人及營利事業收到「98年度扣（免）繳暨股利憑單退查通知單」，逾期未能補正或經補正後仍無法歸戶者，將通報剔除其成本費用，補徵營利事業所得稅。
該局籲請扣繳義務人或營利事業務必依限將退查通知單回報轄區分局、稽徵所，以免徵納雙方困擾。
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◎3. 在稽徵機關進行調查前，自動補報並補繳所漏稅款者，即可適用免罰規定
(財政部臺灣省南區國稅局 - 2010/6/8)
98年度營利事業所得稅結算申報已於99年5月31日截止了，申報期間忙碌情形也稍作緩和，財政部臺灣省南區國稅局建議營利事業趁空再查對一下申報資料，有否因疏忽而申報錯誤之情形，該局列出常見之違章或疏失情形如下，請營利事業再次檢視您的申報資料，以免受罰。
項目
疏失情形
收入短報
一、 保險理賠、海關退稅、銀行利息收入、補助款及領回未支付員工退休金或資遣費之退休金準備等。
二、 遭法院拍賣之土地及房屋收入。
三、 依完工比例法認列之收入。
四、 下腳收入。
五、 不動產仲介業者接受個人委託辦理仲介不動產物件買賣收取之仲介費。
六、 小規模營利事業於年度中途改為使用統一發票商號，漏未申報其屬小規模營利事業期間查定課徵之銷售額。
七、 營利事業透過快遞業者或郵局運送商品外銷，或將樣品出口至國外參加展覽而於當地直接銷售之銷貨收入。
八、 營利事業誤將應稅之國外證券交易所得列為停徵之證券交易所得。
薪資、旅費、
保險費
一、 派駐海外員工未列報相關服務報酬收入卻列報薪資、旅費、保險費等營業費用，不符收入費用配合原則。
二、 加班費未取有加班紀錄或支付證明。
交際費、其他費用
列報經營本業及附屬業務以外之費用或損失。
呆帳損失
一、 存證函寄送地址非營利事業倒閉或他遷不明前之確實營業地址。
二、 債務人居住國外，未備有我國駐外使領館、商務代表或外貿機關之證明。
三、 列報未滿2年經催收後未收取本金及利息之債權。
免稅所得成本費用分攤
土地交易所得、證券交易所得、期貨交易所得、股利淨額或盈餘淨額等免稅或停止課徵所得稅或不計入所得額課稅之免稅所得，未依規定合理分攤相關成本、費用或損失。
投資損失
非於投資款匯出年度提列國外投資損失準備。
利息支出
一、 非屬固定資產之土地，其借款利息未以遞延費用列帳。
二、 預付設備款未依規定利息資本化。
機器設備投資抵減
設備或技術適用投資抵減 申報抵減所得稅之設備或技術於交貨之次日起3年內轉借、出售或轉售。
未分配盈餘
當年度未分配盈餘未依商業會計法規定計算而短報稅後純益者。
該局特別提醒營利事業，在稽徵機關進行選案調查之前，自動補報並補繳所漏稅款者，即可適用稅捐稽徵法第48條之1免罰規定，納稅義務人如有任何需要服務之處，可撥免費服務專線0800-000321或洽轄屬分局、稽徵所，該局將竭誠為您服務。
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◎4. 派駐子公司人員薪資支出、保險費及伙食費不得列為費用或損失
(財政部臺灣省北區國稅局 - 2010/6/9)
(桃園訊) 財政部臺灣省北區國稅局表示，經營本業及附屬業務以外之損失，不得列為費用或損失，為所得稅法第38條及營利事業所得稅查核準則第62條所明定。
該局轄內某公司96年度營利事業所得稅結算申報，列報長期派駐大陸員工薪資支出、保險費、伙食費合計2500多萬元。公司說明渠等派駐人員係協助其管理大陸子公司生產事宜，監督生產流程及出貨狀況等事宜，惟查該公司與大陸子公司為分別獨立之營利組織，係屬不同主體，財務各自獨立，盈虧自負，渠等人員96年度居留境外天數均超過300天，無法證明與該公司業務有關，否准認列渠等人員薪資支出、保險費、伙食費。
該局表示就其法律人格而言，子公司或關係企業，具有獨立性，其財務結構亦與母公司截然分開，換言之，營利事業投資子公司，所承擔之權利義務，應僅限於投資額，且其所投資之子公司，為獨立之法人主體，會計獨立，故其派駐子公司人員之薪資應由投資之子公司費用中支應，方符合會計上企業個體慣例及收入與成本、費用配合原則。
該局籲請納稅義務人特別注意營利事業長期派駐海外人員之薪資支出、保險費及伙食費，非屬本業及附屬業務之費用，不得列報費用或損失。
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◎5. 非營利事業、機關、團體、組織將其土地容積移轉權益，出售與他人取得收入，應依法報繳營業稅
(財政部臺北市國稅局 - 2010/6/10)
財政部臺北市國稅局表示，非以營利為目的之事業、機關、團體、組織將不動產出租予他人取得租金，或將其土地容積移轉權益，出售予他人取得收入，均應依法課徵營業稅。
該局說明，依加值型及非加值型營業稅法（以下簡稱營業稅法）第1條及第6條規定，非以營利為目的之事業、機關、團體、組織，有銷售貨物或勞務者，亦屬營業稅課徵範圍，應依法報繳營業稅。因此，上開事業、機關、團體、組織依「文化資產保存法」及「古蹟土地容積移轉辦法」出售土地容積移轉權益與他人取得收入，核屬營業稅法第3條第2項所稱之銷售勞務，應課徵營業稅。另該收入認屬權利交易性質，應依所得稅法第24條規定，減除原始取得之成本，及因取得、改良及移轉該項權利而支付之一切費用後之餘額列報為財產交易所得；惟上開事業、機關、團體、組織如為容積移轉權益之原始所有權人，其成本及相關費用之減除，得以容積權益移轉收入之100%計算。
該局舉例，某祭祀公業係經常性銷售貨物或勞務，如將不動產出租與他人使用，按月取得租金收入，應辦理營業登記，並依規定報繳營業稅；如僅出售土地容積移轉權益取得收入，並無其他之收入，可自行填寫「機關團體銷售貨物或勞務申報銷售額與營業稅額繳款書」於銷售土地容積移轉權益取得收入之次月15日前，向公庫繳納營業稅。
該局提醒，非以營利為目的之事業、機關、團體、組織如有銷售貨物或勞務情事，應依上開營業稅法規定報繳營業稅，以免經查獲遭受補稅處罰。
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◎6. 免視為員工薪資所得部分之研發人員伙食費，不得適用投資抵減
(財政部臺灣省南區國稅局 - 2010/6/11)
政府為鼓勵公司從事研究與發展，以促進產業升級，提昇國際競爭力，訂有租稅優惠措施，公司的研發支出如符合規定者，即可享受抵稅的優惠，但研發人員的薪資支出是否均可適用投資抵減，公司不能不知相關規定。
南區國稅局表示，依營利事業所得稅查核準則第88條第2款第1目規定，公司實際提供員工膳食或按月定額發給伙食費代金，在每人每月新臺幣1千8百元限額內，免視為員工薪資所得，故公司研發部門專門從事研究發展工作的全職人員伙食費，自不得適用投資抵減；惟如公司所列支的伙食費超過前開限額部分經轉列為員工薪資者，則不在此限。
該局轄內某製造電子產品的公司97年度營利事業所得稅結算申報，列報研發支出投資抵減金額800萬元，但其中申報研發人員伙食費43餘萬元，係屬免視為員工薪資所得部分，不符合投資抵減辦法所規定薪資範圍而予以減除，核定適用投資抵減研發支出的金額為756餘萬元，補徵稅額12餘萬元。
國稅局最後提醒各公司在申報適用抵稅優惠之研究與發展投資抵減稅額時，應特別注意投資抵減辦法的相關規定，才能正確申報，避免遭剔除補稅。
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◎7. 申報「大額」之捐贈列舉扣除額，請保留相關資金證明文件以供稽徵機關查核
(財政部高雄市國稅局 - 2010/6/11)
財政部高雄市國稅局表示：近來發現有些納稅義務人綜合所得稅結算申報，列報對教育、文化、公益、慈善機關或團體之捐贈，每筆數萬元，全年累計數十萬元，惟受贈單位否認收到捐款及開立捐贈收據，而納稅義務人又無法提供捐款的資金來源與捐款流向，國稅局乃剔除該筆捐贈扣除額，除補稅外並裁處罰鍰。
國稅局呼籲，民眾於申報綜合所得稅時，切勿以不實之捐贈收據申報扣除，若有捐贈事實，除了要保留收據外，更應注意保留匯款資料或其他相關資金證明文件供查核，以維護自身權益。
